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SARS-CoV中性突变速率和有根系统发育树再研究及其起源的新思考

谭雅慧,  孙慧敏,  唐晓凤,  张景霞,  于晓寒,  王波,  夏结来,  徐德忠

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文章导航 > 中华疾病控制杂志  > 2012 >  16(10): 860-862
谭雅慧, 孙慧敏, 唐晓凤, 张景霞, 于晓寒, 王波, 夏结来, 徐德忠. SARS-CoV中性突变速率和有根系统发育树再研究及其起源的新思考[J]. 中华疾病控制杂志, 2012, 16(10): 860-862.
引用本文: 谭雅慧, 孙慧敏, 唐晓凤, 张景霞, 于晓寒, 王波, 夏结来, 徐德忠. SARS-CoV中性突变速率和有根系统发育树再研究及其起源的新思考[J]. 中华疾病控制杂志, 2012, 16(10): 860-862.
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SARS-CoV中性突变速率和有根系统发育树再研究及其起源的新思考

  • 1. 第四军医大学军事预防医学院军队流行病学教研室

  • 2. 第四军医大学门诊部

  • 3. 第四军医大学军事预防医学院卫生统计学教研室

基金项目: 全军医药卫生科研基金（03F020-1）；
详细信息

  • 中图分类号: R373.1

    摘要
  • 摘要: 目的 SARS-CoV起源仍未清楚,本文应用系统发育分析方法重建有根系统发育树,比对文献资料,提出SARS-CoV起源的新思考,为最终找到SARS-CoV的真实起源打下基础。方法在美国国立生物技术信息中心（national center for biotechnology information,NCBI）中获取9条SARS-CoV序列。计算其同义替换核苷酸的数量（Ks值）,并构建散点图,进行直线拟合,获得SARS-CoV的中性突变速率;进一步计算最近共同祖先日期（time ofmost recent common ancestor,TMRCA）,最后绘制系统发育树。结果 SARS-CoV中性突变速率为7.6×10-6/位点.天（t=18.95,P<0.001）,R2=0.98,直线拟合的可信度较高。绘制出的有根系统发育树发现有异常之处,并和有关文献无根树对照,提示SARS-CoV进化上存在"逆向进化"。结论 SARS-CoV在流行中出现"逆向进化",SARS-CoV的起源可能是非自然性的,可能是非完全动物源性。
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