基孔肯雅病毒全基因组的多序列比对及遗传进化分析

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基孔肯雅病毒全基因组的多序列比对及遗传进化分析

龙遗芳, 柯昌文, 郭中敏, 陆家海

文章导航 > 中华疾病控制杂志 > 2015 > 19(5): 492-495+499

龙遗芳, 柯昌文, 郭中敏, 陆家海. 基孔肯雅病毒全基因组的多序列比对及遗传进化分析[J]. 中华疾病控制杂志, 2015, 19(5): 492-495+499. doi: 10.16462/j.cnki.zhjbkz.2015.05.017

引用本文:

龙遗芳, 柯昌文, 郭中敏, 陆家海. 基孔肯雅病毒全基因组的多序列比对及遗传进化分析[J]. 中华疾病控制杂志, 2015, 19(5): 492-495+499. doi: 10.16462/j.cnki.zhjbkz.2015.05.017

龙遗芳, 柯昌文, 郭中敏, 陆家海. 基孔肯雅病毒全基因组的多序列比对及遗传进化分析[J]. 中华疾病控制杂志, 2015, 19(5): 492-495+499. doi: 10.16462/j.cnki.zhjbkz.2015.05.017

引用本文:

龙遗芳, 柯昌文, 郭中敏, 陆家海. 基孔肯雅病毒全基因组的多序列比对及遗传进化分析[J]. 中华疾病控制杂志, 2015, 19(5): 492-495+499. doi: 10.16462/j.cnki.zhjbkz.2015.05.017

基孔肯雅病毒全基因组的多序列比对及遗传进化分析

doi: 10.16462/j.cnki.zhjbkz.2015.05.017

1. 中山大学公共卫生学院热带病防治研究教育部重点实验室
2. 广东省重大传染病预防和控制技术研究中心
3. 广东省疾病预防控制中心病原微生物检验所
4. 中山大学医学院动物实验中心

基金项目: 国家自然科学基金(81373050)；

中图分类号: R440
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出版历程

摘要: 目的了解基孔肯雅病毒(Chikungunya virus,CHIKV)毒株的时间、地区及基因型的分布情况,不同时间和地区分离毒株的相似性,核苷酸位点的变异情况以及病毒的遗传进化趋势,为基孔肯雅热的预防和控制奠定基础。方法对美国国立生物技术信息中心(NCBI)中收录的CHIKV毒株全基因组序列共133条用DNAStar7.1软件进行核苷酸和氨基酸相似性比较及变异分析,用Mega 6.06进行遗传进化分析。结果 CHIKV组内核苷酸序列相似性在97.7%~100.0%之间,CHIKV组内氨基酸序列相似性在80.3%~100.0%之间,组内相似性较高,变异率较低;CHIKV碱基间的转换较为常见占碱基突变的81.02%;分离时间、地区相近的毒株遗传距离较近,不同谱系的东/中/南非型毒株已蔓延至欧亚各地区。结论 CHIKV毒株存在一定的变异,但具有较高的遗传稳定性。
- 基孔肯雅病毒 /
- 基因频率 /
- 变异(遗传学)

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